（一） 诉权处分原则。自诉案件的法理依据是国家将这类案件视为主要侵犯公民个人权利的案件，因此而赋予被害人诉权。作为公民的一种权利，被害人对于这种诉权可以行使，也可放弃。正是基于这种处分权，对自诉案件可以进行调解；自诉人还可以同被告人自行和解或撤回自诉。但这种处分权在行使时可能损害国家和社会利益的除外。
（二） 手段对等原则。在公诉案件中，公诉人代表国家，以被告为追究对象，利用国家力量进行追诉，而且直接具有或经法院批准具有一定的强制处分权，被告人即使在法律形式上与公诉人处于平等地位，但其诉讼手段很难对等。自诉案件则不同，当事人双方地位平等，手段对等。一个突出表现是自诉案件的被告人在诉讼过程中，可以对自诉人提起反诉，而反诉适用自诉的规定。因此，在自诉案件中原被告的诉讼地位是相对的，在一定条件下是可以互换的，这也是与公诉案件的重要区别。
（三） 国家援助原则。鉴于国家和社会利益的重要性以及个别公民诉讼能力的有限性，由国家机关，主要是检察机关援助自诉，是现代自诉制度的一项普遍性原则。这种援助主要表现在：当检察官认为原自诉案件涉及社会公众利益或被害人遇特殊情况难以维护个人合法权益时，该案件可以由其提起公诉或承担诉讼。如根据德国《刑事诉讼法》第376条和第377条的规定，符合公共利益的时候，检察院可对原属于自诉案件的犯罪提起公诉。法院认为应当由检察官接管自诉案件的追诉时，应向他移送案卷。检察院也可以在判决发生法律效力前的任何程序阶段中以明确的声明接管自诉案件的追诉。英国的自诉案件范围较广，但检察机关有权在诉讼进行的任一阶段参加诉讼或接管诉讼。在我国刑事诉讼中，对重婚等自诉案件的被害人不能有效保护自己合法利益的，检察机关也可以根据人民群众、社会团体或有关单位的控告按公诉程序进行追诉，从而体现了对自诉的国家援助。